Drexler został wybrany z numerem 14. w drafcie 1983 przez zespół Portland Trail Blazers. W NBA zadebiutował 28 października 1983 roku w meczu przeciwko San Diego Clippers – zdobył tylko 2 punkty.
”Szybowiec” w pierwszym sezonie NBA rozegrał wszystkie 82 mecze (tylko 3 w pierwszym składzie) notując średnio 7.7 punktów oraz 2.9 zbiórek w niecałe 18 minut. Portland Trail Blazers sezon 1983/84 zakończyli z bilansem 48-34, uplasowali się na 3 miejscu w Konferencji Zachodniej. W fazie Playoffs (I runda) spotkali się z Suns, rywalizację wygrali zawodnicy Phoenix z bilansem 3:2. Przełom Drexlera nastąpił w drugim sezonie, kiedy to zdobywał już 17.2 ppg w każdym meczu.
W drugich rozrywach na parkietach NBA (85/86), wystąpił już w 58 meczach w pierwszej piątce Blazers (z 75 rozegranych ogółem), zadebiutował w meczu All-Star Game. Następny sezon to średnia na poziomie 21.7 ppg, o dziwo bez udziału w ASG. Rok później stał się niekwestionowaną gwiazdą ligi oraz etatowym all-starem, zdobywając średnio po 27 punktów.
Do końca lat 80 Blazers w składzie z Drexlerem co roku meldowali się w playoffs, jednak bez większych sukcesów – II runda to był max. 6 stycznia 1989 roku zaliczył najlepsze spotkanie w karierze zdobywając 50 punktów w wygranym przez PTB 147-142 meczu z Kings.
Wszystko zmieniło się w sezonie 1989/90, w którym ”Szybowiec”, przy wsparciu kolegów z drużyny, takich jak Terry Porter, Jerome Kersey, Buck Williams, Clifford Robinson i Kevin Duckworth, poprowadzili Portland Trail Blazers do drugich Finałów NBA w historii klubu.
W Finale spotkali się z Detroit Pistons, którzy sezon zakończyli na 1 miejscu w Konferencji Wschodniej – jednak z takim samym bilansem co Blazers: 59 zwycięstwa, 23 porażki. Finał wygrali Detroit, rozprawili się z Portland w 5 meczach (4:1). MVP powędrowało do Isiaha Thomasa, który średnio notował: 27.6 PPG, 7.0 APG, 5.2 RPG. 27-leni Drexler w swoich pierwszych Finałach notował: 26.4 PPG, 7.8 RPG, 6.2 APG.
W sezonie 1991/92 Portland Trail Blazers byli najlepszą ekipą w NBA, wygrali 63 mecze, przegrywając tylko 19 spotkań, za nimi byli tylko Chicago Bulls, którzy przegrali o 2 mecze więcej. Lider Blazers notował średnio: 21.5 PPG, 6.7 RPG, 6.0 APG. Niestety Blazers nie zagrali w Finałach NBA – przegrali 2:4 z Finale Konferencji Zachodzniej z Los Angeles Lakers.
Następny sezon dla Drexlera oraz całego zespołu Blazers był równie udany. Uplasowali się na 1 miejscu w Konferencji Zachodnie (2 miejsce w lidze), tym razem w playoff byli nie do zatrzymania, do finałów przegrali tylko 4 mecze. W meczach o mistrzostwo spotkali się z Chicago Bulls, którzy w sezonie przegrali tylko 15 spotkań …
Niespodzianki nie było, Chicago Bulls po 6 meczach odebrali mistrzowskie pierścienie.
Latem 1992 roku wraz z Michaelem Jordanem wystąpił w drużynie olimpijskiej USA, nazwanej ”Drużyną Marzeń” (Dream Team). Ponownie nie było niespodzianek i zawodnicy z USA zdobyli w Barcelonie złoty medal olimpijski pokonując swoich przeciwników średnią różnicą 44 punktów.
W następnych dwóch sezonach Drexlera w Blazers trudno było o większe sukcesy. Niezmiennie grali równo, lecz ponownie bez większych sukcesów w playoffs – rozegrali tylko 7 meczów, przegrywając w 93 i 94 już w I rundzie.
Po 11 sezonach i rozegraniu 867 meczów w barwach Blazers 14 lutego 1995 roku, Clyde Drexler przeszedł do Houston Rockets, wracając do miasta swych akademickich sukcesów. W swoich pierwszych meczach w barwach Rockets Drexler średnio notował: 21.4 PPG, 7.0 RPG, 4.4 APG.
Spotkał tu długoletniego przyjaciela z drużyny uniwersyteckiej, Hakeema Olajuwona. Drexler wprowadził nową jakość w grze Rakiet, walczących w obronie mistrzowskiego tytułu. Pomógł Rockets zdobyć mistrzowski tytuł w roku 1995. Trzeci występ w Finałach NBA 32-letniego Drexlera zakończył się sukcesem. Houston zdobyli swój drugi mistrzowski tytuł, a ”Szybowiec” po raz pierwszy (i ostatni) wzniósł w górę mistrzowski puchar.
Pozostał w drużynie przez następne trzy lata. Zakończył karierę po sezonie 1997/98. Ciekawostką jest fakt, że w swoim ostatni sezonie dla „Rakiet” zaliczył dla nich najlepsze spotkanie zdobywając 43 punkty w wygranym przez Houston 124-110 meczu z Clipers.
Osiągnięcia
Jest jednym z kilku graczy w historii NBA, którzy zanotowali w karierze 20 000 punktów, 6000 zbiórek i 6000 asyst (dwaj pozostali to Oscar Robertson i John Havlicek).
W NBA rozegrał 1086 meczów, zdobywając 22195 punktów, 6677 zbiórek oraz 6125 asyst.
- 10-krotny uczestnik Meczu Gwiazd (1986, 1988, 1989, 1990, 1991, 1992, 1993, 1994, 1996, 1997)
- Druga Drużyna NBA (1988, 1991)
- Pierwsza Drużyna NBA (1992)
- Złoty medal olimpijski (1992)
- Mistrzostwo NBA (1995)
- Wybór do Pięćdziesiątki Najlepszych Graczy w historii NBA (1996)
- Członek Koszykarskiej Galerii Sław (2004)
- Numer 22, z któym występował przez całą swoją karierę został zastrzeżony przez Blazers i Rockets